超聲波細胞破碎儀通常由以下部分結構組成：
- 超聲波發生器：是儀器的核心部件，負責產生高頻電信號，為整個破碎過程提供能量基礎，一般采用數字控制技術，可精確調節頻率和功率，以滿足不同實驗或生產需求。
- 換能器組件：
- 換能器：將超聲波發生器產生的高頻電信號轉換為機械振動，是產生超聲波的源頭。通常利用壓電陶瓷等材料的壓電效應來實現電信號與機械振動的轉換。
- 變幅桿：可將換能器產生的振動有效地傳遞到液體中，并對振動幅度進行放大或縮小，以適應不同的樣品和破碎要求。
- 樣品容器：用于放置待破碎細胞的樣品，一般由高強度聚合物或玻璃、不銹鋼等材料制成，需能承受超聲波產生的振動和壓力，其設計要便于樣品的加入、破碎操作和取出，常見的有樣品杯、試管等形式。
- 冷卻系統：由于超聲波破碎過程中會產生大量熱量，可能導致樣品溫度過高而影響實驗結果甚至損壞設備，冷卻系統用于降低設備和樣品溫度，常采用循環水冷卻或風冷散熱的方式。
- 控制系統：用于調節超聲波的頻率、時間、功率、占空比等參數，通過準確控制這些參數來實現最佳的破碎效果，通常具有觸摸屏或按鍵操作界面，方便用戶進行參數設置和監控破碎過程。
- 隔音箱（部分型號配置）：為了降低超聲波破碎過程中產生的噪音，一些型號的超聲細胞破碎儀配備了隔音箱，采用特殊隔音材料制成，可有效隔絕噪音，保持實驗室的安靜環境。
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